Awal sejarah berdirinya Kantor Imigrasi Merauke dimulai ketika beroperasinya Pos Imigrasi Merauke pada tahun 1964 yang pada saat itu berada di bawah koordinasi Kantor Wilayah Daerah Imigrasi yang berkedudukan di Jayapura. Dari Pos Imigrasi di tingkatkan menjadi Kantor Daerah Imigrasi Merauke pada tahun 1970. Sejak berdirinya Pos Imigrasi Tahun 1964 hingga saat ini Kantor Imigrasi Merauke sudah 16 kali dilaksanakan pergantian pimpinan dan menempati kantor di Jl. T M P Trikora No. 88 dengan luas tanah 5000 m2.
Untuk mencapai Merau-ke dari Jakarta dengan kapal laut dapat menggunakan kapal Kelimutu. Kapal ini merupakan satu-satunya kapal penumpang yang dapat mengakses dari pulau Jawa ke Merauke, itu pun sejak bulan Agustus tahun 2003 kapal Kelimutu tidak lagi berlayar sampai ke Surabaya (Pulau Jawa) karena ada perubahan jalur pelayarannya yang akhir-akhir ini lebih menitikberatkan berlayar di sekitar Wilayah Indonesia Bagian Timur. Waktu yang ditempuh dengan menggunakan kapal laut Jakarta-Merauke adalah 12 (dua belas) hari.
Apabila menggunakan angkutan udara satu-satunya Maskapai Penerbangan yang beroperasi di jalur penerbangan Jakarta-Merauke adalah hanya Merpati, ini pun dalam keadaan normal seminggu hanya ada 4 kali penerbangan. Waktu yang ditempuh sekitar 11 (sebelas) jam sampai dengan 12 (dua belas) jam dengan rincian sebagai berikut:
1. Jakarta – Makassar : + 2,10 jam + transit 45 menit
2. Makassar – Timika : + 2,40 jam + transit 40 menit
3. Timika – Jayapura : + 50 menit + transit 40 menit
4. Jayapura – Merauke : + 1,5 jam
Wilayah kerja Kantor Imigrasi Merauke meliputi seluruh daerah Kabupaten Merauke. Secara geografis terletak di ujung paling selatan pulau Papua dan merupakan bagian wilayah Indonesia yang paling timur (tenggara) dan berbatasan langsung dengan Papua New Guinea (PNG) serta mempunyai garis perbatasan (vertikal) sepanjang sekitar 600 km. Jumlah penduduk Merauke menurut sensus terakhir Pemerintah Daerah Kabupaten Merauke tahun 2002 ada sekitar 336.363 jiwa. Konsentrasi penduduk paling banyak bertempat tinggal di sekitar daerah Ibukota kabupaten, kemudian di daerah perbatasan dan sisanya tinggal di daerah pedalaman. Karena susunan kependudukan yang demikian itu, maka dalam hal pelayanan pemberian paspor, volume yang signifikan setiap tahunnya ada sekitar 100 paspor (Surat Perjalanan Republik Indonesia/SPRI), namun tidak jarang angka tersebut berada di bawahnya.
Karena terjadi berbagai perkembangan daerah, termasuk dalam hal adanya pemekaran wilayah dan pembentukan kabupaten-kabupaten baru, maka hal ini juga berdampak pada wilayah kerja Kantor Imigrasi Merauke. Saat ini wilayah kerja Kantor Imigrasi Merauke meliputi 4 Kabupaten, di mana Kabupaten Merauke menjadi kabupaten induknya, sedangkan kabupaten lainnya adalah Kabupaten Asmat, Kabupaten Mapi dan Kabupaten Boven Digul.
Mengingat Kantor Imigrasi Merauke wilayah kerjanya banyak meliputi daerah perbatasan, maka dibangun pos-pos Imigrasi untuk mengatur lalulintas orang di daerah perbatasan. Hingga saat ini Kantor Imigrasi Merauke memiliki 6 (enam) Pos Imigrasi Perbatasan yaitu:
1. Pos Imigrasi Sota, yang terletak di Distrik Sota Kabupaten Merauke dengan jarak dari Kantor Imigrasi Merauke kurang lebih 76 Km.
2. Pos Imigrasi Erambu, yang terletak di Distrik Jagebob Kabupaten Merauke dengan jarak dari Kantor Imigrasi Merauke kurang lebih 140 Km
3. Pos Imigrasi Bupul, yang terletak di Distrik Elik Gobel Kabupaten Merauke dengan jarak dari Kantor Imigrasi Merauke kurang lebih 200 Km
4. Pos Imigrasi Mindiptana, yang terletak di Distrik Mindiptana Kabupaten Boven Digul dengan jarak dari Kantor Imigrasi Merauke kurang lebih 498 Km.
5. Pos Imigrasi Waropko, yang terletak di Distrik Waropko Kabupaten Boven Digul dengan jarak dari Kantor Imigrasi Merauke kurang lebih 550 Km.
6. Pos Imigrasi Kondo, yang terletak di Distrik Merauke dengan jarak dari Kantor Imigrasi Merauke kurang lebih 90 Km.
Banyaknya Pos Imigrasi yang ditempatkan di perbatasan tersebut, maka kegiatan Kantor Imigrasi Merauke hampir didominasi oleh pelaksanaan pelayanan lintas batas. Volume kerjanya jauh lebih banyak jika dibandingkan dengan pelayanan pemberian paspor. Hal ini dikarenakan arus lalulintas orang yang masuk dan keluar wilayah Indonesia melalui pos-pos perbatasan tersebut masih banyak dilakukan secara tradisional dan dapat diperlakukan cukup dengan menggunakan kartu/pas lintas batas, sehingga para trafffiker belum banyak yang menggunakan paspor sebagai surat perjalanannya. Atas dasar itu tidak heran jika kegiatan lintas batas menyumbang jumlah yang cukup banyak terhadap PNBP yang dapat dikumpulkan oleh Kantor Imigrasi Merauke. Kendala-kendala yang sering dialami adalah banyak pelintas batas dari Papua Nugini menggunakan Pas Lintas Batas atau Kartu Lintas Batas yang tidak sesuai dengan BLM, sarana dan prasarana seperti listrik, air, alat komunikasi serta alat transportasi yang tidak memadai.
Sumber : Ditjen Imigrasi RI
Artikel 
