Nama asli pulau Papua masih tetap misterius hingga kini dan itulah sebabnya mengapa orang asing silih berganti memberi nama seenaknya saja. Sudah lebih dari selusin nama untuk pulau ini, khususnya Papua bagian Barat.
Pada sekitar Tahun 200 M , ahli Geography bernama Ptolamy menyebutnya dengan nama LABADIOS. Maksud apa disebut demikian, belum diketahui. Pada akhir tahun 500 M, pengarang Tiongkok bernama Ghau Yu Kua memberi nama TUNGKI, dan pada akhir tahun 600 M, Kerajaan Sriwijaya menyebut nama Papua dengan menggunakan nama JANGGI.
Nama Tungki dan Janggi telah mengundang berbagai pendapat, kemungkinan nama TUNGKI yang sudah berubah dalam sebutannya menjadi Janggi atau sebaliknya. Pada akhir tahun 1300, Majapahit menggunakan dua nama, yakni WANIN dan SRAM. Nama Wanin, tentu tidak lain dari semenanjung Onin di daerah Fak-Fak dan SRAM, ialah pulau Seram di Maluku. Ada kemungkinan, budak yang dibawa dan dipersembahkan kepada Majapahit berasal dari Onin dan yang membawanya ke sana adalah orang Seram dari Maluku, sehingga dua nama ini disebut.
Tidore memberi nama untuk pulau ini dan penduduknya sebagai PAPA-UA yang sudah beruba dalam sebutan menjadi PAPUA. Pada tahun 1545, Inigo Ortiz de Retes memberi nama NUEVA GUINEE dan ada pelaut lain yang memberi nama ISLA DEL ORO yang artinya Pulau Emas.
Nama Nueva Guinee kemudian di-Belanda-kan menjadi NIEUW GUINEA. Pada tahun 1956, Belanda merubah nama Niew Guinea menjadi NEDERLANDS NIEUW GUINEA. Perubahan nama Nieuw Guinea menjadi Nederlands Nieuw Guinea mengandung maksud positif dan maksud negativ.
Positifnya ialah karena nama Nieuw Guinea sering dihubungkan dengan sejarah Hindia Belanda (Nederlands Indie) terutama pihak Indonesia sering menggunakan ini sebagai alasan menuntut Nieuw Guinea dari Belanda.
Negativnya ialah bahwa sebelum Nieuw Guinea dijual, lebih dahulu dijadikan milik Belanda. Hal ini terbukti kemudian bahwa Nederlands Nieuw Guinea bersama Nederlands Onderdaan yang hidup diatasnya dijual kepada Indonesia pada 1962. Belanda merasa berhak berbuat demikian karena sejak 1956, West Papua telah dijadikan miliknya.
Apa yang dilakukan Pemerintah Belanda dimasa itu, paralel dengan tindakan Synode Gereja Hervormd Belanda sebab pada tahun 1956 itu juga, melepaskan tanggung-jawabnya kepada Dewan Gereja-Gereja di Indonesia.
Pada tahun 1961, Komite Nasional Papua yang pertama menetapkan nama PAPUA BARAT. Pada masa Pemerintahan Sementera PBB (UNTEA), menggunakan dua nama, WEST NEW GUINEA/WEST IRIAN.
Pada tanggal 1 Mei 1963, Republik Indonesia menggunakan nama IRIAN BARAT. Setelah Proklamasi kemerdekaan tanggal 1 Juli 1971, Pemerintah Revolusioner sementara Republik West Papua di Markas Victoria, menggunakan nama WEST PAPUA.
Pada tahun 1973, Pemerintah Republik Indonesia di West Papua merubah nama IRIAN BARAT menjadi IRIAN JAYA.
Pada tahun 2000 nama Irian Jaya kembali menjadi Papua hingga kini.
Nama Papua, aslinya Papa-Ua, asal dari bahasa Maluku Utara. Maksud sebenarnya bahwa di pulau ini tidak terdapat seorang raja yang memerintah disini sebagai seorang bapak, itulah sebabnya pulau dan penduduknya disebut demikian.